Di Roots, Pemain ditugaskan untuk menjelajahi Ruang Bawah Tanah, mengumpulkan Poin Pengalaman dan material, serta mengelola pasukan Serangga mereka di Zona Hub, dengan membuat, meningkatkan, dan mengembangkan unit serta senjata yang setara. Ilmuwan: Karakter yang dapat dimainkan adalah Ahli Biologi Gila, seorang ilmuwan yang mengecilkan dirinya hingga seukuran semut untuk mempertahankan akar tanaman yang diserang serangga musuh. Ilmuwan menggunakan Senjata buatan berbeda untuk menghasilkan kerusakan dasar pada musuhnya. Senjata dapat dibuat atau dijarah dari musuh atau Atasan langka. Semut: Semut memiliki beberapa kelas semut yang berbeda. Dengan kelas-kelas tersebut, pemain dapat melakukan berbagai hal di dunia atau sarangnya. Koloni memiliki ruangan yang berbeda:Lab, Peternakan, Gudang Senjata, Kamar Ratu, Kebun Raya, dll.Musuh:Di awal permainan, serangga adalah serangga biasa. Semakin jauh ceritanya berkembang semakin aneh mereka. Ada juga dua musuh air mata seperti capung yang bermula dari larva kemudian menjadi capung.