हेलकेमिस्ट एक मेट्रॉइडवानिया गेम है जो छोटे कीमियागर "डॉक्टर" और नीले हाथ वाले गोलेम "हैंडो" के कारनामों की कहानी बताता है। डॉक्टर उछलता है और नक्शे के चारों ओर घूमता है, तेजी से आगे बढ़ता है और हमला करता है। हांडो भारी हमलों में सक्षम है और अन्वेषण के लिए स्वतंत्र रूप से हवा में तैरता है। सोफिया तियाका के गिरे हुए साम्राज्य में, पैंजेनियम के बिखरे हुए टुकड़े हैं, एक ऐसा पदार्थ जिसके बारे में कहा जाता है कि यह किसी भी इच्छा को पूरा कर सकता है। शक्तिशाली बॉस राक्षस पैंजेनियम के टुकड़ों पर कब्जा कर रहे हैं, और उनसे पैंजेनियम के टुकड़ों को पुनः प्राप्त करना डॉक्टर और हांडो का उद्देश्य है। राज्य शक्तिशाली क्षमताओं और वस्तुओं को छुपाता है जो दोनों पात्रों को उनकी यात्रा में मदद करेंगे। चूँकि खिलाड़ी केवल एक आत्मा को ही संभाल सकता है, वे दो पात्रों को बारी-बारी से नियंत्रित करेंगे। अपने अन्वेषण और युद्ध के अनुरूप दो पात्रों की विभिन्न विशेषताओं का उपयोग करके इस गेम की दुनिया का अन्वेषण करें।