खिलाड़ी चार निन्जा कछुओं में से एक को चुनता है: लियोनार्डन, माइकलएंजेलॉन, डोनाटेलॉन और राफनेल। जब श्रेडर अपने दोस्त अप्रैल ओ'नील और उनके गुरु स्प्लिंटर का अपहरण कर लेता है, तो उन्हें पीछा करना चाहिए, अपने साथियों को बचाना चाहिए और दुष्ट श्रेडर को हराना चाहिए। अधिकतम चार खिलाड़ी (कुछ संस्करणों में दो) उनमें से किसी को भी नियंत्रित कर सकते हैं। डोनाटेलो के हमले धीमे हैं, लेकिन लंबी दूरी के हैं, माइकल एंजेलो और राफेल के हमले तेज हैं, लेकिन कम रेंज के हैं, और लियोनार्डो औसत रेंज और गति के साथ एक अच्छी तरह गोल कछुआ है। आठ-तरफ़ा जॉयस्टिक कछुए की गतिविधियों को नियंत्रित करता है, कूदने का बटन उन्हें कूदने देता है और हमले का बटन उन्हें अपने हथियार का उपयोग करके उनके सामने हिट करता है। इसके अलावा कुछ संयोजन संभव हैं। कछुए पैदल सैनिकों को ऊपर की ओर फेंक सकते हैं, और कूद और हमले के बटन दबाकर, एक विशेष हमला किया जाता है। राफेल जमीन पर लुढ़कता है और एक किक के साथ समाप्त होता है, जबकि दूसरे वे अपने हथियारों के साथ व्यापक छलांग लगाते हैं। वे कुछ क्षेत्रों में दीवार से गिर भी सकते हैं। दीवारों या ठोस वस्तुओं पर पटक कर दुश्मनों को अधिक तेज़ी से हराया जा सकता है। आस-पास के दुश्मनों को हराने में मदद करने के लिए ट्रैफिक कोन, पार्किंग मीटर, फायर हाइड्रेंट और विस्फोट करने वाले तेल के ड्रम जैसी कई वस्तुओं पर हमला किया जा सकता है या क्षतिग्रस्त किया जा सकता है। आकर्षित मोड में, गेम ने "टीनेज म्यूटेंट" निंजा टर्टल थीम गीत के एक हिस्से के साथ, कार्टून के उद्घाटन का पहला भाग दिखाया। कछुए को जिन दुश्मनों का सामना करना होगा उनमें से अधिकांश पैदल सैनिक हैं। उनके पास कौन सा हथियार है इसके आधार पर वे एक अलग रंग की वर्दी पहनते हैं। पर्पल-पहने फुट सोल्जर्स, उनमें से सबसे मानक, कछुओं को पीछे से पकड़ने की क्षमता रखते हैं, उनके स्वास्थ्य को खराब करते हैं और उन्हें अन्य फुट सैनिकों द्वारा हमला करने के लिए खुला छोड़ देते हैं। खेल के मालिकों में बेबॉप और रॉकस्टेडी (व्यक्तिगत रूप से और एक साथ), बैक्सटर स्टॉकमैन, ग्रैनिटर, जनरल ट्रैग, क्रांग और श्रेडर शामिल हैं।
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किशोर उत्परिवर्ती निंजा कछुए प्रशंसक के लिए नया खेल