वर्ष 2213 में, मानवता ने रिडीमर नेटवर्क के निर्माण के लिए एक उल्लेखनीय अलौकिक पदार्थ का उपयोग किया, जो एक वैश्विक स्मार्ट ग्रिड है जो बड़े पैमाने पर आनुवंशिक संशोधन करने में सक्षम है। इसने दुनिया को बीमारी को खत्म करने, जीवन का विस्तार करने और यहां तक कि विकास और चेतना में हेरफेर करने में सक्षम बनाया। हालांकि, मनुष्य की अतृप्त प्रकृति के कारण, ऊपर से यह उपहार जल्द ही संघर्ष और कलह का स्रोत बन गया। अंत में, संपूर्ण रिडीमर नेटवर्क "एबडॉन" नामक एक मानव निर्मित वायरस से संक्रमित हो गया, जिससे "एबडॉन एन्ट्रॉपी" नामक एक पदार्थ को जन्म दिया। आत्म-जागरूक और अपने स्वयं के विकास को निर्देशित करने में सक्षम होने के कारण, नई इकाई ने "रेकनिंग प्रोटोकॉल" शुरू किया, जो सभी मानव सभ्यता को नष्ट करने का एक कार्यक्रम है। मनुष्यों और एबडॉन के बीच युद्ध अब आधी सदी से अधिक समय से चला आ रहा है। "कॉन्शियस आर्क" नामक एक गुप्त संगठन ने क्लोन सैनिकों को विकसित किया है जिन्हें एबडॉन के खतरे से मेल खाने में सक्षम धर्मी रूपों के रूप में जाना जाता है। इस खेल में, खिलाड़ी रेकनिंग के चार घुड़सवारों को खत्म करने के मिशन पर तीसरी पीढ़ी के धर्मी रूप में खेलता है। "अकाल" और "महामारी" का अनुभव करने के बाद, मानवता अपने भाग्य को बदलने के लिए "युद्ध" में प्रवेश करने वाली है।