In Roots, i giocatori sono incaricati di attraversare i dungeon, raccogliere punti esperienza e materiali, e gestire il loro esercito di insetti nella Zona Centrale, con la possibilità di creare, potenziare ed evolvere le loro unità e armi equipaggiate.Il ricercatore:Il personaggio giocabile è il Biologo Pazzo, uno scienziato che si rimpicciolisce alla dimensione di una formica per difendere le radici delle piante attaccate dagli insetti nemici.
Il ricercatore utilizza diverse armi artigianali per infliggere danni di base ai suoi nemici. Le armi possono essere create o saccheggiate da nemici rari o boss.Le formiche:Le formiche hanno diverse classi di formiche. Con queste classi, il giocatore può compiere diverse azioni nel mondo o nel nido. La colonia ha diverse stanze: Laboratorio, Fattoria, Armeria, Camera della regina, Giardini botanici, ecc.I nemici:All'inizio del gioco, gli insetti sono insetti normali. Man mano che la storia avanza, diventano sempre più strani.
Ci sono anche due nemici a lacrima come le libellule che iniziano come larve e poi diventano libellule.