Dalam Roots, Pemain ditugaskan untuk melalui Dungeons, mengumpul Mata Pengalaman dan bahan serta menguruskan tentera Serangga mereka di Zon Hab, dengan membuat, menaik taraf dan mengembangkan unit mereka dan senjata yang saksama. Saintis: Watak yang boleh dimainkan ialah Ahli Biologi Gila, seorang saintis yang mengecilkan dirinya hingga sebesar semut untuk mempertahankan akar tumbuhan yang diserang serangga musuh. Saintis itu menggunakan Senjata buatan yang berbeza untuk menghasilkan kerosakan asas kepada musuhnya. Senjata boleh dibuat atau dirompak daripada musuh atau Boss yang jarang ditemui. Semut: Semut mempunyai beberapa kelas semut yang berbeza. Dengan kelas tersebut, pemain boleh melakukan perkara yang berbeza di dunia atau sarang. Koloni mempunyai bilik yang berbeza: Makmal, Ladang, Gudang Senjata, ruang Queens, Taman Botani dan lain-lain. Musuh: Pada permulaan permainan, serangga adalah serangga biasa. Semakin jauh cerita semakin pelik. Terdapat juga dua musuh koyak seperti pepatung yang bermula sebagai larva dan kemudian menjadi pepatung.