Semua pelombong yang bekerja dalam pembinaan terowong tiba-tiba berubah menjadi mayat hidup. Seorang kesatria telah dihantar untuk melalui mayat hidup dan sampai ke hujung terowong untuk mencari apa yang berlaku di sana. Tunnel Knight ialah permainan tentang bertahan selama mungkin, berjuang melalui musuh dan bos, untuk mencapai sedalam mungkin ke dalam terowong.