Bumi telah dimusnahkan oleh pencerobohan yang dahsyat oleh bangsa asing bernama Vulkil. Kisah anda bermula pada tahun 2172 sebagai Pakar Olympia Prime yang tidak dikenali, sebuah pangkalan yang terletak di bulan Bumi. Anda baru sahaja menjadi sukarelawan untuk mengambil bahagian dalam prosedur percubaan ketenteraan rahsia yang dipanggil Protokol ZOA. Sedikit yang diketahui tentang Protokol ZOA kecuali kebanyakan yang menjalaninya tidak dapat bertahan. Mereka yang bertahan mengalami kebolehan yang dipertingkatkan seperti kekuatan, ketahanan, kelajuan dan ketangkasan. Sebagai mangsa Protokol ZOA anda mesti menggunakan kuasa anda yang baru ditemui untuk berlumba dengan masa untuk mengalahkan Vulkil, yang akhirnya menyelamatkan Bumi. Kisah permainan akan terungkap bab demi bab dan menyelamatkan Bumi akan memerlukan anda untuk mengawal kapal angkasa, mencari dan terbang ke planet Alien & menjalin atau memecahkan pakatan dalam mencari cara untuk mengalahkan Vulkil.