Ang Earth ay sinalanta ng isang mapangwasak na pagsalakay ng isang dayuhang lahi na pinangalanang Vulkil. Magsisimula ang iyong kwento sa taong 2172 bilang isang hindi kilalang Espesyalista sa Olympia Prime, isang base na matatagpuan sa buwan ng Earth. Na-volunteer ka lang na lumahok sa isang lihim na pang-eksperimentong pamamaraan ng militar na tinatawag na ZOA Protocol. Kaunti ang nalalaman tungkol sa ZOA Protocol maliban na karamihan sa mga sumasailalim dito ay hindi nakaligtas. Ang mga nakaligtas ay nakakaranas ng mga pinahusay na kakayahan tulad ng lakas, tibay, bilis at kagalingan ng kamay. Bilang isang nakaligtas sa ZOA Protocol, dapat mong gamitin ang iyong mga bagong natuklasang kapangyarihan para makipaglaban sa oras para talunin ang Vulkil, na sa huli ay nagliligtas sa Earth. Ang kuwento ng laro ay magbubukas sa bawat kabanata at ang pag-save ng Earth ay mangangailangan sa iyo na mag-commandeer ng space craft, hanapin at lumipad sa mga Alien na planeta at bumuo o masira ang mga alyansa sa paghahanap ng paraan upang talunin ang Vulkil.