O jogador escolhe uma das quatro Tartarugas Ninja: Leonardon, Michelangelon, Donatellon e Raphanel. Depois que Shredder sequestra a amiga April O'Neil e seu mentor Splinter, eles devem persegui-los, salvar seus camaradas e derrotar o malvado Shredder. Até quatro jogadores (dois em algumas versões) podem assumir o controle de qualquer um deles. Donatello tem ataques mais lentos, mas um alcance maior, Michelangelo e Raphael têm ataques mais rápidos, mas um alcance menor, e Leonardo é uma Tartaruga bem arredondada com alcance e velocidade médios. O joystick de oito direções controla os movimentos da Tartaruga, o botão de pulo os faz pular e o botão de ataque os faz acertar na frente deles usando sua arma. Além disso, algumas combinações são possíveis. As Tartarugas podem lançar soldados a pé sobre a cabeça e, pressionando os botões de salto e ataque, um ataque especial é executado. Raphael rola pelo chão e finaliza com um chute, enquanto o outro faz um ataque de salto rasteiro com suas armas. Eles também podem saltar da parede em certas áreas. Os inimigos podem ser derrotados mais rapidamente batendo-os contra paredes ou objetos sólidos. Muitos objetos, como cones de trânsito, parquímetros, hidrantes e barris de óleo explodindo, podem ser atingidos ou danificados com ataques para ajudar a derrotar os inimigos próximos. No modo de atração, o jogo mostrava a primeira parte da abertura do desenho animado, junto com uma parte da música tema "Teenage Mutant" da Tartaruga Ninja. A maioria dos inimigos que a Tartaruga deve enfrentar são os soldados de infantaria. Eles usam um uniforme de cor diferente, dependendo da arma que possuem. Os soldados de infantaria vestidos de roxo, os mais comuns deles, também têm a habilidade de segurar as tartarugas por trás, drenando sua saúde e deixando-os abertos ao ataque dos outros soldados de infantaria. Os chefes do jogo incluem Bebop e Rocksteady (individualmente e juntos), Baxter Stockman, Granitor, General Traag, Krang e o próprio Shredder.
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novo jogo para fã de Teenage Mutant Ninja Turtles