«Шпион против шпиона» рассказывает о фарсовых выходках двух шпионов, пытающихся убить друг друга с помощью невероятно сложных и изощренных ловушек и оружия. Цель игры состоит в том, чтобы собрать различные секретные предметы в портфель и выйти из здания через дверь в аэропорт раньше игрока противника или до того, как истечет время на таймере. При поиске предметов можно расставлять ловушки, чтобы вывести из строя противника (или самого игрока, если он неосторожен). У каждого шпиона есть личный таймер обратного отсчета, который истощается на 30 секунд после каждой смерти. Арена представляет собой посольство, состоящее из ряда соединенных между собой комнат, расположенных по сетке. На более высоких уровнях больше комнат и, следовательно, больше игровая площадка. Помимо рукопашного боя (достигаемого клавишами направления влево и вправо или вверх и вниз, когда шпионы находятся в непосредственной близости друг от друга) шпионы могут расставлять ловушки на мебели и дверях, занимающих игровую зону. Эти ловушки срабатывают, когда шпион обыскивает предмет мебели в поисках предмета или открывает заминированную дверь, в результате чего появляется анимация в мультяшном стиле, показывающая, как объект застрелен, взорван и т. д., и он парит в небесах в виде ангела. Стратегия вводится путем ограничения количества каждой ловушки, которую может использовать шпион, и разрешения срабатывания ловушек любым шпионом. Некоторые предметы мебели также содержат «лекарства», соответствующие определенным ловушкам — они позволяют обезвредить ловушку, но могут быть извлечены только по одной за раз.