Ang "Fallen Seeds" ay isang science fiction visual novel na may mga elemento ng dating simulator na sumusunod sa mga pakikipagsapalaran ni Evod, isang espesyal na ahente ng Earth Empire, sa panahon ng kanyang misyon sa misteryosong planeta ng Ulthar, na tinitirhan ng mga zoomorphic extraterrestrial na nilalang na kilala bilang Chimy. Samahan si Evod, na, habang isinasagawa niya ang kanyang misyon, ay natuklasan na ang makulay na planeta ng resort ay may mas madilim na bahagi. Isang Anomalous Zone ang naninirahan sa planeta, isang misteryoso at delikadong lugar na napapailalim sa maraming pagsisiyasat at pagsasama-sama ng mga interes ng makapangyarihang pwersa ng Galactic. Dahil sa masalimuot na mga intriga sa pulitika, ikaw ang magpapasya kung sino ang kakampi at kung sino ang iyong magiging kalaban. Dapat matukoy ni Evod kung ano ang handa niyang isakripisyo sa kanyang paghahanap para sa katotohanan, kahit na nangangahulugan ito ng pagharap sa kanyang matagal nang kinalimutang nakaraan. Ang laro ay nagtatampok ng maraming sumasanga na mga plotline, na nangangailangan ng mga manlalaro na gumawa ng mga pagpipilian na humuhubog sa kurso ng kuwento at sa wakas na kinalabasan. Bilang karagdagan, ang laro ay nagpapakilala ng limang pangunahing tauhang babae, na may pagkakataon na bumuo ng mga romantikong relasyon sa isa sa kanila.